Vor mehr als 40 Jahren sind die Zylonen nach dem Krieg verschwunden.
Jetzt tauchen sie plötzlich wieder auf und greifen alle 12 Planeten der Menschen gleichzeitig an. Sie zerschlagen das Militär und besetzen alle Planeten.
Adama, der Held der zurückliegenden Zylonenkriege fliegt mit seinem antiquierten Schiff nicht wie geplant in die Rente, sondern direkt in einen neuen Krieg. Besser gesagt er flieht um die letzten überlebenden Menschen vor dem Zugriff der Zylonen zu schützen. Unterwegs stossen sie auf ca. 50.000 Zivilisten und nehmen sie unter ihren Schutz. (erst ab diesem Zeitpunkt entscheidet sich ADAM für Flucht, davon wollte er kämpfen.)
Die ständige Flucht vor den Zylonen zermürbt die Crew aber vor allem die Zivilisten und Adama bieten den Menschen als Hoffnung die Suche nach dem Ursprung der Menschheit, dem verschollenen 13. Stamm auf dem Planeten Erde.
Während die Menschen an viele Götter glauben, beten die Zylonen nur zu einem Gott. Es gibt 12 Zylonenmodelle, die Menschlich sind und die unerkannt unter den Menschen leben. (sie wissen nicht, dass sie Zylonen sind.)
7 dieser Modelle sind vielfach unterwegs in unzähligen vervielfältigungen und wenn sie sterben, wird ihr Bewustsein einfach auf einem Zylonenschiff in einen neuen Körper geladen werden. Die anderen 5 Modelle gibt es jeweils nur einmal. (FINAL FIVE)
Es scheint, als hätte Gott sich ausgerechnet Gaius Balta ausgesucht, um durch ihn zu wirken, er beschützt ihn und führt ihn durch das Chaos.
Der Legende nach hat Gott die Menschen und die Zylonen auf Kobol erschaffen bevor 12 der 13 Stämme aufgebrochen sind um sich eine neue Heimat zu suchen. Jetzt steuert das letzte Überbleibsel der Menschheit auf die Wiege derselben zu und somit auf seine Vergangenheit und seine Zukunft.
Alles dies ist schon einmal passiert, und es wird wieder geschehen.